胎兒蛋白指數是臨床上使用的一個參考數據並不是判斷依據，重要是需結合臨床症狀、腹部超音波或腹部電腦斷層的報告，才能做有效的判斷依據。另外，急性肝炎、肝損傷之復原期，胎兒蛋白指數亦會上升，所以，需要做詳細檢查以了解胎兒蛋白指數上升的原因。